Avoir les joues rouges de honte, de timidité ou de colère.

Sous le coup d'une émotion forte, les joues rougissent. On a alors les joues arrondies et rouges comme une tomate.

Cette expression a donc pour origine l'aspect de la tomate.

Cette expression existait en 1690.

http://www.linternaute.com/expression/langue-francaise/330/etre-rouge-comme-une-tomate/